标本兼治，综合治理，是我党确定的开展反腐败斗争的一项长期而重要的指导方针。在改革开放初期，由于种种原因，腐败现象一度呈现滋生蔓延势头。针对这种情况，我党采取了着力治标的方针，集中力量惩治正在蔓延的腐败现象，在实践中取得了良好效果，同时也积累了一些宝贵经验。
为了不断适应反腐败斗争形势和任务的发展，党的十五大提出：“坚持标本兼治，教育是基础，法制是保证，监督是关键。通过深化改革，不断铲除腐败现象滋生蔓延的土壤。”自此，我国反腐败斗争从以往的标本兼治、重在治标，转向标本兼治、逐步加大治本力度的工作思路上来。２００２年召开的十六大进一步指出：坚持标本兼治、综合治理的方针，逐步加大治本的力度，从源头上预防和解决腐败问题。胡锦涛总书记在中央纪委第二次全会上强调指出：“开展党风廉政建设和反腐败工作，既要治标，更要治本。”在不久前召开的邓小平同志诞辰１００周年纪念大会上，他再次强调，“建立健全与社会主义市场经济体制相适应的教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系，旗帜鲜明、毫不动摇地把反腐败斗争深入进行下去”。反腐败工作思路的调整和进一步完善，是反腐败斗争向纵深发展的必然要求，是反腐败指导方针在继承中的新发展。
源头治腐是一项长期而艰巨的任务。从当前和今后一个时期来说，在巩固已有成绩的同时，还需要在治本工作的广度和深度上下功夫——在广度上下功夫，就是要根据需要和可能，逐步拓宽治本工作的领域。腐败现象的滋生蔓延有多方面、深层次原因，这就要求我们在落实已出台的各项治本措施的同时，还要通过深入调查，针对易发多发腐败的环节和部位，找准滋生腐败的土壤和条件，提出源头治理的对策，拓展治本领域。在当前和今后一个时期，尤其需要针对在贯彻落实十六届三中全会作出的关于完善社会主义市场经济体制的决定过程中易发多发腐败的部位和环节，深化改革，加强治本工作力度，进一步拓宽治本工作领域，为经济持续快速协调健康发展提供良好环境。
治本工作在深度上下功夫，当前主要是针对一些已经开展源头治腐的项目一再出现纠而复生、治而再乱的问题，找出问题症结，提出有效对策。例如治理个别地方愈演愈烈的教育乱收费，还有一些更深层次的问题没有解决，如教育资源配置很不平衡；财政性教育经费投入严重不足；师资队伍思想政治工作相当薄弱等等。又如干部人事制度改革已见成效，但个别问题反映仍较强烈，这就需要在深入贯彻《党政领导干部选拔任用工作条例》的基础上，进一步建立健全干部选拔任用和管理监督的机制，规范和全面推行党的地方委员会全体会议无记名投票表决下一级党委、政府领导班子正职拟任人选和推荐人选制度；推行和完善公开选拔、竞争上岗制度等。随着治本工作面的扩展，点的深入，必将更加有效地从源头上遏制腐败的滋生。
反腐败治本工作，是一件艰巨而复杂的工作。工作中还要处理好以下几个关系：
一是治本与治标的关系。治标是治本的基础，治本是治标的深化，两者相辅相成，互相促进。在反腐败工作思路转向逐步加大治本力度的时候，必须继续强化从严治标的措施，特别要保持查办违纪违法案件的力度，严惩腐败分子，以及大力纠正直接损害群众利益的不正之风。同时还要逐步加大治本的力度，从源头上有效预防腐败的滋生。
二是治本与反腐败三项工作的关系。领导干部廉洁自律、查办违纪违法案件、纠正部门和行业不正之风三项工作，都具有治标和治本的要求。例如查办违纪违法案件，严惩腐败分子，遏制腐败现象蔓延的势头，体现了从严治标的要求；通过剖析案件，针对诱发腐败的深层次原因，深化改革，解决体制和管理上存在的弊端和薄弱环节，铲除滋生腐败的土壤，这又体现了治本的要求。因此在履行三项工作中，既要从严治标，又要着力治本，把标本兼治贯穿于三项工作之中。
三是加强思想政治工作与改革体制、机制、制度的关系。这是治本抓源头工作中相辅相成，互相促进的两项工作。在改革体制、机制、制度的过程中必将涉及利益调整，必然会遇到障碍和阻力。这就需要强有力的思想政治工作，把广大干部群众的认识统一到中央的决策和部署上来。同时，思想政治工作只有紧密结合改革实践，适应改革需要，才能成为推进改革、实现源头防腐治腐的强大动力。处理好两者关系，使之协调发展，才能有力推进反腐败治本工作不断向纵深发展。
四是治本工作中发挥纪检监察机关职能作用与发挥其他党政机关和业务部门职能作用的关系。反腐败治本抓源头工作的政治性、政策性都很强，必须由党委、政府统一领导，各个方面齐抓共管。由于反腐败治本工作大量属于政府部门的业务范围和职责所在，因此，充分发挥政府及其各个业务主管部门的积极性、创造性，显得格外重要。在治本抓源头工作中纪检监察机关负有统筹规划、组织协调、监督检查、信息综合等职责，但不能包揽全部治本工作。大量工作需要有关部门具体操办。只有党政齐抓共管，有关职能部门各尽其责，互相配合，形成整体合力，治本工作才能步步深入，真正做到从源头上有效遏制腐败的发生。
